活性炭的吸附原理是：
在其顆粒表面形成一層平衡的表面濃度，再把有機(jī)物質(zhì)雜質(zhì)吸附到活性炭顆粒內(nèi)，使用初期的吸附效果很高。但時(shí)間一長(zhǎng)，活性炭的吸附能力會(huì)不同程度地減弱，吸附效果也隨之下降。如果水族箱中水質(zhì)混濁，水中有機(jī)物含量高，活性炭很快就會(huì)喪失過(guò)濾功能。所以，活性炭應(yīng)定期清洗或更換。
活性炭顆粒的大小對(duì)吸附能力也有影響。
一般來(lái)說(shuō)，活性炭顆粒越小，過(guò)濾面積就越大。所以，粉末狀的活性炭總面積最大，吸附效果最佳，但粉末狀的活性炭很容易隨水流入水族箱中，難以控制，很少采用。顆粒狀的活性炭因顆粒成形不易流動(dòng)，水中有機(jī)物等雜質(zhì)在活
性炭過(guò)濾層中也不易阻塞，其吸附能力強(qiáng)，攜帶更換方便。
活性炭的吸附能力和與水接觸的時(shí)間成正比，接觸時(shí)間越長(zhǎng)，過(guò)濾后的水質(zhì)越佳。
注意：過(guò)濾的水應(yīng)緩慢地流出過(guò)濾層。新的活性炭在第一次使用前應(yīng)洗滌潔凈，否則有墨黑色水流出。
活性炭在裝入過(guò)濾器前，應(yīng)在底部和頂部加鋪２～３厘米厚的海綿，作用是阻止藻類等大顆粒雜質(zhì)滲透進(jìn)去，活性炭使用２～３個(gè)月后，如果過(guò)濾效果下降就應(yīng)調(diào)換新的活性炭，
海綿層也要定期更換活性碳的效率需視很多的因素而定，水族箱的設(shè)缸時(shí)間越短，活性炭更換次數(shù)就需越頻繁（約一個(gè)月一次），設(shè)缸時(shí)間越久的水族箱，活性炭在水族箱中的有效時(shí)間就越久（約四個(gè)月以上）。
活性炭最好是放在網(wǎng)袋中然后再將它系緊固定。裝滿活性炭的袋子可以放在外部的過(guò)濾器中，或放在滴流式過(guò)濾器的水槽中。必要時(shí)，可以強(qiáng)迫全部的水流通過(guò)活性炭，但在某種情況下這會(huì)增加過(guò)濾器運(yùn)轉(zhuǎn)的阻力并減低其效用。然而因?yàn)榛钚蕴康淖饔梅浅５穆?，所以建議采用部分的水流通過(guò)活性炭過(guò)濾器即可，這樣不會(huì)影響到過(guò)濾器的抵抗性。
這個(gè)方法的好處在于好氧性與厭氧性細(xì)菌可以同時(shí)生長(zhǎng)在過(guò)濾器中，好氧性細(xì)菌可行氧化分解作用，而厭氧性細(xì)菌會(huì)在活性炭的無(wú)氧地帶，將硝酸鹽分解成氮?dú)?。因此活性炭過(guò)濾材料會(huì)隨著時(shí)間，由化學(xué)的過(guò)濾性質(zhì)轉(zhuǎn)變?yōu)樯锏倪^(guò)濾性質(zhì)。